Doxygen php со встроенным JavaScript

Я использую doxygen для документирования PHP-кода и Javscript-кода. Это прекрасно работает для файлов на простом языке, но не для файлов main-web-php, содержащих встроенный Javascript. Несколько вариантов я пробовал, но ни один не работает правильно. У кого-нибудь есть прекрасная идея?

Упрощенный пример кода:

<?php
$str = "How do I process embedded Javascript in doxygen";
?>

<script type="text/javascript">
// These construct needs a php-file extension.
// This is just an example it is used within javascript functions also.
var str = <?php echo json_encode($str); ?>;

/**
Doxygen does not process this Javascript function.
*/
function hello() {
echo "Hello world";
}
</script>