ОШИБКА компиляции, функция (и) / метод (ы) не созданы! для модели BRMS

Я снова получаю эту ошибку. Но в отличие от ранее, теперь тест ниже работает:

fx <- inline::cxxfunction( signature(x = "integer", y = "numeric" ) , '
return ScalarReal( INTEGER(x)[0] * REAL(y)[0] ) ;
' )
fx( 2L, 5 ) # returns 10 as should be

Но когда я пробую любую модель, основанную на stan (например, пример кода и данные ниже), я получаю ту же ошибку, что и ниже.

Вот пример данных и кода:

DT<-structure(list(c = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L,
2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L), .Label = c("a", "b"), class = "factor"),
x = c(2004L, 2005L, 2006L, 2007L, 2008L, 2010L, 2012L, 2010L,
2012L, 2010L, 2005L, 2007L, 2012L, 2005L), y = c(11.05826397,
15.56776557, 49.50980392, 64.53900709, 75, 68.18181818, 99.86357435,
100, 99.26739927, 98.52941176, 100, 95.94594595, 99.64157706,
100)), class = "data.frame", row.names = c(NA, -14L))
library(brms)
fit <- brm(y~ x, data = DT)

Там написано «функция (и) / метод (ы) не созданы!»

`Compiling the C++ model
Error in compileCode(f, code, language = language, verbose = verbose) :
Compilation ERROR, function(s)/method(s) not created! In file included from C:/Users/.../Documents/R/win-library/3.5/BH/include/boost/config.hpp:39:0,
from C:/Users/.../Documents/R/win-library/3.5/BH/include/boost/math/tools/config.hpp:13,
from C:/Users/.../Documents/R/win-library/3.5/StanHeaders/include/stan/math/rev/core/var.hpp:7,
from C:/Users/.../Documents/R/win-library/3.5/StanHeaders/include/stan/math/rev/core/gevv_vvv_vari.hpp:5,
from C:/Users/.../Documents/R/win-library/3.5/StanHeaders/include/stan/math/rev/core.hpp:12,
from C:/Users/.../Documents/R/win-library/3.5/StanHeaders/include/stan/math/rev/mat.hpp:4,
from C:/Users/.../Documents/R/win-library/3.5/StanHeaders/include/stan/math.hpp:4,
from C:/Users/.../Documents/R/win-library/3.5/StanHeaders/include/src/stan
In addition: Warning messages:
1: In rstan::stan_model(model_code = x$model, save_dso = save_dso) :
StanHeaders version is ahead of rstan version; update to latest rstan
2: In system(cmd, intern = !verbose) :
running command 'C:/PROGRA~1/R/R-3.5.1/bin/x64/R CMD SHLIB file110c1cb656fa.cpp 2> file110c1cb656fa.cpp.err.txt' had status 1 `

Вот моя сессия информация:

sessionInfo()
R version 3.5.0 (2018-04-23)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows >= 8 x64 (build 9200)

Matrix products: default

locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252
[2] LC_CTYPE=English_United States.1252
[3] LC_MONETARY=English_United States.1252
[4] LC_NUMERIC=C
[5] LC_TIME=English_United States.1252

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets
[6] methods   base

other attached packages:
[1] rstudioapi_0.8.0.9000 brms_2.5.0
[3] ggplot2_3.0.0         Rcpp_0.12.19

loaded via a namespace (and not attached):
[1] mvtnorm_1.0-8        lattice_0.20-35
[3] gtools_3.8.1         zoo_1.8-4
[5] assertthat_0.2.0     digest_0.6.18
[7] mime_0.6             R6_2.3.0
[9] plyr_1.8.4           backports_1.1.2
[11] ggridges_0.5.1       stats4_3.5.0
[13] coda_0.19-2          colourpicker_1.0
[15] pillar_1.3.0         rlang_0.2.2
[17] lazyeval_0.2.1       miniUI_0.1.1.1
[19] Matrix_1.2-14        DT_0.4
[21] shinythemes_1.1.1    shinyjs_1.0
[23] stringr_1.3.1        htmlwidgets_1.3
[25] loo_2.0.0            igraph_1.2.2
[27] munsell_0.5.0        shiny_1.1.0
[29] rstan_2.17.4         compiler_3.5.0
[31] httpuv_1.4.5         pkgconfig_2.0.2
[33] base64enc_0.1-3      rstantools_1.5.1
[35] htmltools_0.3.6      tidyselect_0.2.5
[37] tibble_1.4.2         gridExtra_2.3
[39] threejs_0.3.1        matrixStats_0.54.0
[41] crayon_1.3.4         dplyr_0.7.6
[43] withr_2.1.2          later_0.7.5
[45] grid_3.5.0           nlme_3.1-137
[47] xtable_1.8-3         gtable_0.2.0
[49] magrittr_1.5         StanHeaders_2.18.0
[51] scales_1.0.0         stringi_1.1.7
[53] reshape2_1.4.3       promises_1.0.1
[55] bindrcpp_0.2.2       dygraphs_1.1.1.6
[57] xts_0.11-1           tools_3.5.0
[59] glue_1.3.0           markdown_0.8
[61] shinystan_2.5.0      purrr_0.2.5
[63] crosstalk_1.0.0      rsconnect_0.8.8
[65] abind_1.4-5          parallel_3.5.0
[67] inline_0.3.15        colorspace_1.3-2
[69] bridgesampling_0.5-2 bayesplot_1.6.0
[71] bindr_0.1.1          Brobdingnag_1.2-6

Буду признателен за любые идеи для решения этой проблемы.

3

Решение

brms обеспечивает процедуры, чтобы соответствовать байесовским моделям, используя Stan; Stan в свою очередь, это библиотека C ++, которая предоставляет вероятностный язык для определения байесовских моделей. Затем эти модели анализируются и выражаются на языке Stan в код C ++, который затем компилируется в исполняемую программу.

Итак, в двух словах, одно из ключевых требований к использованию brms это компилятор C ++, который компилирует ваши модели в исполняемую программу. Ваша ошибка указывает на то, что последний отсутствует.

От brms GitHub Часто задаваемые вопросы:

Поскольку brms основан на Stan, требуется компилятор C ++. Программа Rtools (доступна на https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/) поставляется с компилятором C ++ для Windows. На Mac вы должны установить Xcode. Для получения дальнейших инструкций о том, как запустить компиляторы, см. Раздел предварительных требований на https://github.com/stan-dev/rstan/wiki/RStan-Getting-Started.

Вы можете установить Rtools напрямую через эта ссылка.

3

Другие решения

Других решений пока нет …